Exome clinique et panels NGS par technologies de séquençage de nouvelle génération

Le séquençage du génome entier, de l'exome entier et de l'exome clinique est une analyse conçue pour déterminer et interpréter la séquence de tous les gènes codants. L'objectif est d'identifier les gènes en cause et de poser un diagnostic chez les patients présentant une pathologie génétique ou métabolique/neurométabolique inexpliquée malgré un bilan approfondi. L'exome clinique couvre environ 95 % de l'exome avec un rendement diagnostique de 20 à 30 %.

• Séquençage du génome entier
• Séquençage complet de gènes
• Panels de gènes
• Séquençage de l'ARN

panels NGS (panels de séquençage nouvelle génération)

De nombreuses maladies héréditaires sont génétiquement hétérogènes : des variants pathogènes dans plusieurs gènes différents peuvent induire un même tableau clinique (comme dans le syndrome de Noonan). Avant le NGS, l'évaluation séquentielle gène par gène était coûteuse et lente. L'essor du NGS permet désormais l'analyse simultanée de multiples gènes au moyen de panels largement employés en clinique.

Avantages des panels NGS

• Le séquençage des gènes d'un panel permet une analyse spécifiquement ciblée.
• Le séquençage de l'intégralité du gène d'intérêt renforce la fiabilité des résultats.
• L'examen approfondi de la région ciblée confère une sensibilité accrue pour détecter les mosaïques somatiques.
• Les variants dans les régions non codantes ciblées peuvent être détectés.
• Des analyses complémentaires peuvent être incluses pour les délétions et duplications de grande taille non décelables par simple séquençage.
• Des analyses spécifiques peuvent être mises en œuvre pour distinguer les gènes cibles de pseudogènes hautement homologues.
• Le nombre restreint de gènes et variants évalués permet une interprétation plus rapide qu'avec un exome ou génome entier.
• La probabilité d'obtenir des données fortuites non liées au phénotype suspecté peut être minimisée.

Avantages de l'exome ou du génome clinique par rapport aux panels NGS

• Le clinicien n'a pas besoin de définir de façon exhaustive dès le départ les gènes et maladies à inclure.
• La coexistence de deux troubles génétiques distincts chez le même patient peut être identifiée.
• Dans les phénotypes complexes ou mal délimités où le choix d'un panel ciblé est difficile, une analyse globale est offerte.
• L'exome ou le génome offre la possibilité de réanalyser les données bio-informatiques à la lumière des découvertes futures sans refaire de prélèvement.
• Des gènes récemment associés à une pathologie peuvent être explorés.