Klinische Exom- & NGS-Panels mit Next-Generation-Sequencing

Die Sequenzierung des gesamten Genoms, des gesamten Exoms und des klinischen Exoms dient der Sequenzbestimmung aller proteinkodierenden Gene. Ziel ist es, bei Patienten mit unklaren genetischen oder metabolischen Erkrankungen ursächliche Gene zu identifizieren. Das klinische Exom deckt ca. 95 % des Exoms ab; die diagnostische Ausbeute liegt bei 20–30 %.

• Ganzgenom-Sequenzierung
• Vollständige Gensequenzierung
• Gen-Panels
• RNA-Sequenzierung

NGS-Panels (Next-Generation-Sequencing-Panels)

Viele erbliche Störungen sind genetisch heterogen: Pathogene Varianten in verschiedenen Genen können zum gleichen Phänotyp führen (z. B. Noonan-Syndrom). Früher wurden krankheitsassoziierte Gene nacheinander getestet. Mit Fortschritten der Sequenziertechnik wurden NGS-Panels entwickelt, die mehrere Gene simultan analysieren und heute klinischer Standard sind.

Vorteile der NGS-Panels

• Die Sequenzierung von Panel-Genen ermöglicht eine gezielte Analyse.
• Die Sequenzierung des gesamten Zielgens erhöht die Zuverlässigkeit der Ergebnisse.
• Die detaillierte Untersuchung der Zielregion bietet höhere Sensitivität beim Nachweis somatischer Mosaike.
• Varianten in anvisierten nicht-kodierenden Bereichen können identifiziert werden.
• Zusatzanalysen für große Deletionen und Duplikationen, die die Sequenzierung allein nicht erkennt, können integriert werden.
• Spezielle Sequenzieransätze können angewendet werden, um Zielgene von homologen Pseudogenen zu unterscheiden.
• Da weniger Gene und Varianten beurteilt werden, ist die Befundinterpretation schneller als bei Exom- oder Genomanalysen.
• Die Wahrscheinlichkeit von Zufallsbefunden außerhalb des vermuteten Phänotyps kann reduziert werden.

Vorteile der klinischen Exom- oder Genomanalyse gegenüber NGS-Panels

• Der Kliniker muss vorab nicht exakt festlegen, welche Erkrankungen und Gene einzubeziehen sind.
• Das gleichzeitige Vorliegen zweier verschiedener genetischer Störungen bei einer Person kann erkannt werden.
• Bei unklaren oder komplexen Phänotypen, bei denen die Panelauswahl schwierig ist, wird eine breitere Beurteilung ermöglicht.
• Exom oder Genom ermöglichen eine bioinformatische Reanalyse der Daten bei neuen wissenschaftlichen Erkenntnissen ohne erneute Probenentnahme.
• Neu mit Erkrankungen assoziierte Gene können untersucht werden.